Primeiro mapa
Nos primeiros mapas da Baía de Guanabara feitos pelos portugueses e nas cartas francesas, a região de São Cristóvão sempre aparece designada como um grande aldeamento dos índios. Inicialmente a região parece ter sido ocupada pelos índios Tamoios que ali construíram sua "araroue" e, por serem aliados dos conquistadores franceses, acabaram expulsos pelos portugueses.
Para garantir a segurança e o domínio de tal região, considerada como entrada para o sertão, ali se estabeleceu estrategicamente a aldeia de Araribóia, chamada pelos portugueses "Aldeia de Martinho" em decorrência do nome cristão - Martim - dado ao índio por Mem de Sá por ocasião do batismo, cuja corruptela ou diminutivo era "Martinho".
Tal prestígio de Araribóia junto ao Governador-Geral devia-se ao fato de ser ele grande aliado dos portugueses, tendo participado ativamente na luta para expulsar da Guanabara os Tamoios e os franceses.
Durante as lutas de reconquista do território da ocupação francesa no séc. XVI, Estácio de Sá fundou a Cidade do Rio de Janeiro em 1565 ( 1º de março), limitada ao longo de 2 (dois) anos à várzea do Cara de Cão e do Pão de Açúcar.Em julho de 1565, Estácio de Sá doou à Companhia de Jesus a sesmaria, legitimada em 1568 por Mem de Sá.
Durante o último quarto do séc. XVI, sem a ameaça territorial, tem início o processo de colonização no sentido do recôncavo.