A capela foi construída à beira-mar num dos recantos da baía de Guanabara pelos jesuítas em terreno da fazenda São Cristóvão, na sesmaria concedida por Estácio de Sá em 1565.
Passou a ser matriz em 1865 e guarda imagens encontradas quando do sequestro dos bens dos jesuítas em 1759. São elas as de São Cristóvão, São Benedito e Nª Sª do Rosário.
Conhecida por igrejinha em razão da comparação com outra obra dos jesuítas, da arquitetura e componentes originais somente restaram as imagens, as paredes mais espessas, portas e janelas acanhadas e um sino na torre, visto ter sido completamente destruída e restaurada em 1894, depois de ter sido recuperada à época de D. Pedro I a pedido da Marquesa de Santos.
A festa de São Cristóvão ocorre em 25/07 com procissão, quermesse, missa campal e procissão motorizada, visto ser ele o padroeiro dos motoristas.